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税務調査による過年度分の源泉徴収所得税の納付

所得税を預り金で支払っていますが、税務署の調査があり、車通勤交通費の課税分について、納めるよう納付書が届きました。
３年前にさかのぼって、５万近く納めるのですが、借方雑損／貸方現金預金でしょうか。
社員から徴収するのではなく、会社で立替えて支払うことになりました。
この場合、借方をどうしたらよいのでしょうか。

いろいろな見解があります。いくつか説明します。

1.会社が立替えておいて、あとで徴収する場合
　この場合は立替金（借方）などで処理して、あとで、徴収した時に立替金（貸方）を減額していく。
この立替金の処理は、ご本人が納得しているという前提が必要です。

　では、納得していない場合や過去に退職してしまってたらどうしましょうか。
現在、在職している方とすでに退職している方との取扱いがことなってしまいます。
退職した分は立替金処理して、そのあとで貸倒損失処理でしょうか。
税務署は、そんなこと関係ないです。源泉所得税を支払っていただければということでしょうが。

2.社員本人から徴収しない分が給与扱いとなり、また源泉所得税が発生する場合。
　この場合は給与勘定となります。

今年の分ですか。過年度分ですか。車通勤費交通費の給与課税分ですから、過年度分の源泉所得税です。
会社負担分ということになれば、支払った年度の給与でしょうか。それとも過年度分でしょうか。
では、市町村に給与支払報告書を提出しなおすのですか。
ご本人がたとえば不動産所得がある場合など確定申告をしている場合には、修正申告をしなければ
ならないのですか。
　だんだんとこんがらがってきます。

3.租税公課や雑損などにて処理する。
　やむをえないでしょうという感があります。

2009.05.14

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